El componente de Gestión de Aula, en el Modelo Escolar para la Equidad busca transformar progresivamente las prácticas docentes en el aula escolar, generando ambientes innovadores y eficientes de enseñanza-aprendizaje, a partir del método de aprender haciendo.

La Gestión de Aula se desarrolla a través de las aulas - taller, lugares de encuentro y trabajo donde el conocimiento  se adquiere por descubrimiento y asimilación, allí se privilegia el derecho a no saber y a equivocarse, para darle a cada participante la posibilidad de acercarse al conocimiento de manera personal. En ellas, el alumno cambia de rol respecto del aula tradicional,  transformándose en sujeto activo y creativo, con criterio para la formación  de su propio conocimiento. De igual manera, la principal  función del docente será la de servir de facilitador acompañando, coordinando y desencadenando procesos cognitivos, utilizando para ello la experimentación, el diálogo y el debate.  

El aprendizaje por descubrimiento basado en las propias experiencias despierta en los niños y jóvenes su curiosidad y sus capacidades para innovar, plantear posibles soluciones a múltiples problemas, y construir conocimientos, al tiempo que favorece la asimilación de los mismos.

En el aula-taller se utiliza la metodología del "compañerismo cognitivo", mediante la cual se rompen las barreras impuestas en los métodos de enseñanza tradicionales entre el profesor y el alumno, y se establecen relaciones horizontales entre todos los participantes. También se generan ambientes de amistad y confianza que estimulan la libre expresión de las ideas, y una valoración y respeto por los demás.

Con el fin de facilitar la asistencia de los estudiantes de instituciones rurales fue creada el Aula Viajera, estrategia en la cual los estudiantes reciben a los monitores en su institución y allí desarrollan todas las actividades. 

El proceso se complementa con el acompañamiento y apoyo directo a los docentes en su trabajo de aula, por parte de un asesor pedagógico y algunos monitores.  En varias IE que forman parte del Proyecto se han constituido y fortalecido clubes y semilleros de matemáticas y lenguaje, que reúnen de manera voluntaria estudiantes de diferentes grados en torno a un tema de interés