En el área de Gestión Institucional del Modelo Escolar para la Equidad se coordina un trabajo conjunto con las secretarías de educación para mejorar la gestión institucional en las áreas de dirección, gobierno escolar, pedagogía, clima escolar y administración de personal.

Esto se logra mediante la transferencia de conocimiento a los actores de la escuela, para que desarrollen competencias en esos campos. Este es un proceso personalizado que se desarrolla a través de talleres y/o autoformación con apoyo complementario para la construcción de los planes de mejoramiento y la transferencia de buenas prácticas escolares.

A través de los programas Líderes Siglo XXI  y Ser Más Maestro se gestiona este componente en los municipios que están siendo beneficiados.